MotoGP2021サンマリノGPの予選でポールポジションを獲得したのは、Ducatiのフランチェスコ・バニャイアだった。2位はジャック・ミラーとなりファクトリーDucati2名がフロントローとなる、3位はポイントリーダーのジャック・ミラーで、4位にホルヘ・マルティン、5位ヨハン・ザルコとDucatiが1列目、2列目に集中する形だ。
ポル・エスパルガロはホンダ最高位となる6位、7位にマルク・マルケスが続き、アプリリアのアレイシ・エスパルガロが8位。リンスは9位、今週末は当初からスピードを発揮しているマーべリック・ビニャーレスが10位、ジョアン・ミルは11位。エネア・バスティアニーニが12位となった。
路面：ドライ
気温：28度
湿度：56％
路面温度：37度
| 順位 | ライダー名 | タイム | 最高速度 |
| 1位 | フランチェスコ・バニャイア | 1’31.065 | 296.7km/h |
| 2位 | ジャック・ミラー | 1’31.314 | 297.5km/h |
| 3位 | ファビオ・クアルタラロ | 1’31.367 | 291.1km/h |
| 4位 | ホルヘ・マルティン | 1’31.663 | 296.7km/h |
| 5位 | ヨハン・ザルコ | 1’31.836 | 299.1km/h |
| 6位 | ポル・エスパルガロ | 1’31.923 | 296.7km/h |
| 7位 | マルク・マルケス | 1’31.935 | 293.4km/h |
| 8位 | アレイシ・エスパルガロ | 1’31.937 | 295km/h |
| 9位 | アレックス・リンス | 1’32.017 | 294.2km/h |
| 10位 | マーべリック・ビニャーレス | 1’32.121 | 295.8km/h |
| 11位 | ジョアン・ミル | 1’32.426 | 289.5km/h |
| 12位 | エネア・バスティアニーニ | 1’32.461 | 293.4km/h |