インドネシアGPのポールポジションはルカ・マリーニが獲得した。ルカ・マリーニはQ1から進出してポールポジションを獲得した形だ。2位はマーべリック・ビニャーレス、3位アレイシ・エスパルガロとアプリリアの2人も好調だ。4位は久々に上位ポジションからのスタートを決めたファビオ・クアルタラロ、5位ブラッド・ビンダー、6位ホルヘ・マルティン、7位ファビオ・ディ・ジャンアントニオ、8位マルク・マルケス、9位マルコ・ベッツェッキ、10位ジャック・ミラーとなった。
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| 順位 | ゼッケン | ライダー名 | メーカー | タイム | 最高速度 |
| 1位 | 10 | ルカ・マリーニ | DUCATI | 1’29.978 | 313.9km/h |
| 2位 | 12 | マーべリック・ビニャーレス | APRILIA | 1’30.009 | 314.8km/h |
| 3位 | 41 | アレイシ・エスパルガロ | APRILIA | 1’30.132 | 313km/h |
| 4位 | 20 | ファビオ・クアルタラロ | YAMAHA | 1’30.516 | 313.9km/h |
| 5位 | 33 | ブラッド・ビンダー | KTM | 1’30.698 | 315.7km/h |
| 6位 | 89 | ホルヘ・マルティン | DUCATI | 1’30.742 | 316.7km/h |
| 7位 | 49 | ファビオ・ディ・ジャンアントニオ | DUCATI | 1’30.766 | 310.3km/h |
| 8位 | 93 | マルク・マルケス | HONDA | 1’30.864 | 313km/h |
| 9位 | 72 | マルコ・ベッツェッキ | DUCATI | 1’30.908 | 314.8km/h |
| 10位 | 43 | ジャック・ミラー | KTM | 1’30.970 | 313km/h |
| 11位 | 23 | エネア・バスティアニーニ | DUCATI | 1’31.061 | 313km/h |
| 12位 | 88 | ミゲル・オリヴェイラ | APRILIA | 1’31.193 | 315.7km/h |