MotoGP日本GPの予選はQ2進出を逃したアレックス・マルケスがQ1を通過してQ2に進出、もう1名のQ2進出はフランコ・モルビデッリとなった。なお、日本の小椋 藍はQ2進出ペースながらセッション最終盤に転倒したブラッド・ビンダーの転倒の影響もあってラップタイムがキャンセルとなった。
Q2は、ドゥカティのフランチェスコ・バニャイアが1分42秒911のタイムで最速を記録。僅か0.092秒差でホンダのジョアン・ミルが2番手に続いた。3番手にはマルク・マルケスが入り、ドゥカティ勢が2人トップ3に名を連ねた。フランチェスコ・バニャイアは日本で好調な走りを続けていたが、予選でもそのスピードを見せてポールポジションを獲得。フランチェスコ・バニャイアのポール獲得はチェコGP以来となる。
4位に入ったアコスタは当初マシントラブルでピットに戻ったあとに終盤になってアタック、4番手を記録した。5位にファビオ・クアルタラロ、6位フランコ・モルビデッリ、7位ルカ・マリーニ、8位アレックス・マルケス、9位マルコ・ベッツェッキ、10位ラウル・フェルナンデスが続いた。