日本GPでポールポジションを獲得したのはホルヘ・マルティンだった。2位はフランチェスコ・バニャイア、3位ジャック・ミラー、4位マルコ・ベッツェッキ、5位ブラッド・ビンダー、6位ファビオ・ディ・ジャンアントニオ、7位マルク・マルケス、8位マーべリック・ビニャーレス、9位アレイシ・エスパルガロ、10位ヨハン・ザルコとなった。
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日本GP Q2結果
路面コンディション： ドライ
気温： 27°
路面温度： 38°
湿度： 88%
| 順位 | ゼッケン | ライダー名 | メーカー | タイム | 最高速度 |
| 1位 | 89 | ホルヘ・マルティン | DUCATI | 1’43.198 | 316.7km/h |
| 2位 | 1 | フランチェスコ・バニャイア | DUCATI | 1’43.369 | 314.8km/h |
| 3位 | 43 | ジャック・ミラー | KTM | 1’43.551 | 0.353km/h |
| 4位 | 72 | マルコ・ベッツェッキ | DUCATI | 1’43.624 | 315.7km/h |
| 5位 | 33 | ブラッド・ビンダー | KTM | 1’43.709 | 315.7km/h |
| 6位 | 49 | ファビオ・ディ・ジャンアントニオ | DUCATI | 1’43.808 | 306.8km/h |
| 7位 | 93 | マルク・マルケス | HONDA | 1’43.812 | 313km/h |
| 8位 | 12 | マーべリック・ビニャーレス | APRILIA | 1’43.815 | 313.9km/h |
| 9位 | 41 | アレイシ・エスパルガロ | APRILIA | 1’43.822 | 313km/h |
| 10位 | 5 | ヨハン・ザルコ | DUCATI | 1’43.851 | 314.8km/h |
| 11位 | 25 | ラウル・フェルナンデス | APRILIA | 1’44.054 | 309.4km/h |
| 12位 | 44 | ポル・エスパルガロ | GASGAS | 1’44.096 | 312.1km/h |