日本GPはレース開始直前に雨が降り出し、スタート直後はまとまった雨に。コンディションはさらに悪化し、残り12周を残した段階で赤旗が振られる。レースはその後再開されたものの、再度赤旗が振られ、この時点でレースは規定周回の50％を消化していたため赤旗で終了した。
順位は赤旗時点での走行順位が適用となるため、優勝となったのはホルヘ・マルティン、2位にフランチェスコ・バニャイア、3位マルク・マルケスだった。
4位マルコ・ベッツェッキ、5位アレイシ・エスパルガロ、6位ジャック・ミラー、7位アウグスト・フェルナンデス、8位ファビオ・ディ・ジャンアントニオ、9位ラウル・フェルナンデス、10位ファビオ・クアルタラロ、11位中上 貴晶、12位ジョアン・ミル、13位カル・クラッチロー、14位ブラドル、15位ポル・エスパルガロ、16位ミケーレ・ピッロ、17位フランコ・モルビデッリ、18位ミゲル・オリヴェイラ、19位マーべリック・ビニャーレスとなった。
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日本GP 決勝レース結果
| 順位 | ゼッケン | ライダー名 | メーカー | タイム |
| 1位 | 89 | ホルヘ・マルティン | DUCATI | 24’06.314 |
| 2位 | 1 | フランチェスコ・バニャイア | DUCATI | 24’07.727 |
| 3位 | 93 | マルク・マルケス | HONDA | 24’08.327 |
| 4位 | 72 | マルコ・ベッツェッキ | DUCATI | 24’09.257 |
| 5位 | 41 | アレイシ・エスパルガロ | APRILIA | 24’09.495 |
| 6位 | 43 | ジャック・ミラー | KTM | 24’13.151 |
| 7位 | 37 | アウグスト・フェルナンデス | KTM | 24’13.901 |
| 8位 | 49 | ファビオ・ディ・ジャンアントニオ | DUCATI | 24’14.916 |
| 9位 | 25 | ラウル・フェルナンデス | APRILIA | 24’17.543 |
| 10位 | 20 | ファビオ・クアルタラロ | YAMAHA | 24’18.558 |
| 11位 | 30 | 中上 貴晶 | HONDA | 24’21.028 |
| 12位 | 36 | ジョアン・ミル | HONDA | 24’21.238 |
| 13位 | 35 | カル・クラッチロー | YAMAHA | 24’22.371 |
| 14位 | 6 | ステファン・ブラドル | HONDA | 24’23.567 |
| 15位 | 44 | ポル・エスパルガロ | GASGAS | 24’31.235 |
| 16位 | 51 | ミケーレ・ピッロ | DUCATI | 24’40.276 |
| 17位 | 21 | フランコ・モルビデッリ | YAMAHA | 25’21.248 |
| 18位 | 88 | ミゲル・オリヴェイラ | APRILIA | 23’58.786 |
| 19位 | 12 | マーべリック・ビニャーレス | APRILIA | 25’53.371 |