しかし、降り出した雨と風によってコンディションが大きく変わり、ミラーはバイク交換前にグラベルに突っ込みながらバイクを交換。レイン用バイクに交換してトップで走行を開始したのはマルク・マルケス、その後ろに続いたアレックス・リンスがピットアウト直後に転倒、マルクをファビオが追う展開に。
トップを走行していたマルク・マルケスが転倒したことで、ファビオ・クアルタラロが独走。Ducatiのジャック・ミラー、フランセスコ・バグナイアは60マイルのピットレーンスピードを超過したことでダブルロングラップペナルティーを受ける。
一方、ファビオ・クアルタラロはバイク乗り換え時にビニャーレスのガレージに止めたことでロングラップペナルティーを受ける。2度のロングラップペナルティーを終えたミラーは、ファビオがロングラップペナルティーを行っている間にリードを広げ独走体制へ。
この2人を追っていた中上 貴晶だが、徐々に後方から迫るヨハン・ザルコに抜かれ、ザルコが3位に浮上。トラックは雨がやんで強い風、そして日差しが出たことで乾き始め、ミディアムのレインタイヤを装着したヨハン・ザルコは、ソフトレインタイヤを使用していたためタイヤのオーバーヒートに苦しむファビオを抜いて2位に浮上。
トップライダー達の順位は変わらず、そのままジャック・ミラーが優勝して2連勝を達成。ヨハン・ザルコが2位、ファビオ・クアルタラロ3位となった。ジャック・ミラーの優勝は2012年のケーシー・ストーナー以来となるオーストラリア人ライダーによる最高峰クラス2連覇となった。
フランスGP 優勝ジャック・ミラー
「ドライだったものの、雨と風がいきなりやってきました。幸いすぐに収まりましたけど。レインタイヤに交換後最初の周回は非常に難しいものでした。ウェットでの走行は快適で、後半ザルコが追いついてきましたが、2連勝は最高の気分です。チームに感謝ですね。」
フランスGP 2位ヨハン・ザルコ
「他の選手より1周速くレインタイヤに変えていれば優勝出来たかもしれません。序盤はソフトレインタイヤのミラーに遅れを取りましたが、少し乾きだした路面でミディアムリアを履いていたのが非常に良かったですね。今日20ポイント獲得出来たことは本当に嬉しいです。」
フランスGP 3位ファビオ・クアルタラロ
「他の選手がどうかわかりませんが、自分にとってはフロントがソフト過ぎましたね。非常にトリッキーなコンディションで、リンスもすぐに転倒していました。今回の3位は本当に嬉しい結果で、まるで優勝のようです。」
フランスGP 決勝レース結果
| 順位 | ライダー名 | タイム |
| 1位 | ジャック・ミラー | 47’25.473 |
| 2位 | ヨハン・ザルコ | 47’29.443 |
| 3位 | ファビオ・クアルタラロ | 47’39.941 |
| 4位 | フランセスコ・バグナイア | 47’41.645 |
| 5位 | ダニーロ・ペトルッチ | 47’46.903 |
| 6位 | アレックス・マルケス | 47’48.982 |
| 7位 | 中上 貴晶 | 47’55.637 |
| 8位 | ポル・エスパルガロ | 48’00.694 |
| 9位 | イケル・レクオーナ | 48’05.905 |
| 10位 | マーべリック・ビニャーレス | 48’06.050 |
| 11位 | バレンティーノ・ロッシ | 48’07.671 |
| 12位 | ルカ・マリーニ | 48’17.881 |
| 13位 | ブラッド・ビンダー | 48’24.850 |
| 14位 | エネア・バスティアニーニ | 48’27.697 |
| 15位 | ティト・ラバト | 48’35.124 |
| 16位 | フランコ・モルビデッリ | 48’45.192 |