インドネシア・マンダリカで行われたMotoGP第16戦の予選は、アプリリアのマルコ・ベッツェッキが圧巻の走りでポールポジションを獲得。1分28秒832の驚異的なタイムでコースレコードを更新し、今季3度目のポールとなった。波乱のグリッドとなった中、フロントローにはフェルミン・アルデゲル（BK8グレシーニ）とラウル・フェルナンデス（トラックハウス）も並んだ。一方で、前戦でチャンピオンを決めたマルク・マルケス（ドゥカティ・レノボ）は今季最悪の9番手スタートに沈んだ。
Q1：王者たちが苦戦のスタート
Q1にはマルク・マルケスとチームメイトのフランチェスコ・バニャイアが登場。セッション序盤はマルケスがトップで通過圏内に入り、ファビオ・ディ・ジャンアントニオ（VR46）とともにQ2進出を狙った。バニャイアは日本GPでの勝利から一転、苦しい展開で7番手に沈む。VR46勢のフランコ・モルビデリが一時Q2圏内に入るも、最後にディ・ジャンアントニオがトップタイムを叩き出し、マルケスを2番手に押し下げたが、両者ともQ2進出を果たす。モルビデリはわずか0.048秒届かず脱落、バニャイアは16番グリッドという不本意な結果に終わった。
Q2：ベッツェッキが圧倒 マルケスは9番手
注目のQ2では、金曜と土曜のFP2でトップタイムを記録していたベッツェッキが本命としてセッションをリード。ファーストランで他を圧倒し、2回目のアタックではさらにタイムを更新。唯一の1分28秒台に突入し、マンダリカのラップレコードを大幅に塗り替えた。その裏で、ファビオ・クアルタラロ（ヤマハ）は15コーナーでハイサイド転倒を喫したが、すぐに再スタート。一方、マルケスは最終アタックまで10番手と低迷し、ポール争いに絡むことができなかった。
ベッツェッキは2位に0.398秒差をつけて堂々のポール獲得。2位にはルーキーのアルデゲルが入り、金曜午後に続いてベッツェッキの背中を追った。3位にはフェルナンデスが入り、2024年のザクセンリンク以来のフロントロー。リンスは転倒が影響し4番手。5番手にはペドロ・アコスタ（KTM）、6番手にはルカ・マリーニ（ホンダ）が並び、5メーカーがフロント2列を占める接戦模様となった。