すでにQ2進出を決めている選手たちはタイムアタックではなく、バイクのセッティング作に集中しての走行となった。なお、すでにQ2に向けて良いタイムを記録している選手はアタック自体を行っていない。
インドネシアGP FP3結果
| 順位 | ライダー名 | タイム | 最高速度(km/h) |
| 1位 | マルク・マルケス | 1’34.067 | 310.3km/h |
| 2位 | フランチェスコ・バニャイア | 1’34.250 | 311.2km/h |
| 3位 | マルコ・ベッツェッキ | 1’34.350 | 312.1km/h |
| 4位 | ルカ・マリーニ | 1’34.409 | 307.6km/h |
| 5位 | アレックス・リンス | 1’34.633 | 306.8km/h |
| 6位 | ポル・エスパルガロ | 1’34.643 | 309.4km/h |
| 7位 | ジャック・ミラー | 1’34.713 | 309.4km/h |
| 8位 | ミゲル・オリヴェイラ | 1’34.750 | 308.5km/h |
| 9位 | ジョアン・ミル | 1’34.840 | 308.5km/h |
| 10位 | アンドレア・ドヴィツィオーゾ | 1’34.852 | 303.3km/h |
| 11位 | フランコ・モルビデッリ | 1’34.942 | 302.5km/h |
| 12位 | 中上 貴晶 | 1’34.947 | 306.8km/h |
| 13位 | レミー・ガードナー | 1’35.060 | 305.9km/h |
| 14位 | アレックス・マルケス | 1’35.127 | 308.5km/h |
| 15位 | マーべリック・ビニャーレス | 1’35.210 | 310.3km/h |
| 16位 | ヨハン・ザルコ | 1’35.268 | 311.2km/h |
| 17位 | ホルヘ・マルティン | 1’35.317 | 310.3km/h |
| 18位 | ファビオ・ディ・ジャンアントニオ | 1’35.856 | 304.2km/h |
| 19位 | ラウル・フェルナンデス | 1’35.944 | 305.9km/h |
| 20位 | ブラッド・ビンダー | 1’36.339 | 307.6km/h |
| 21位 | ダリン・ビンダー | 1’37.304 | 305.9km/h |
| 22位 | ファビオ・クアルタラロ | 1’41.454 | 300km/h |
| 23位 | アレイシ・エスパルガロ | 1’43.263 | 296.7km/h |
| 24位 | エネア・バスティアニーニ | 1’50.269 | 292.6km/h |