スプリントレースでは序盤からホルヘ・マルティンがトップ争いに参加、一度トップに立った後は危なげない走りでそのまま優勝となった。これでチャンピオンシップにおいてフランチェスコ・バニャイアを上回り首位となった。2位は予選から好調だったルカ・マリーニ、3位は鎖骨骨折をしている状態のマルコ・ベッツェッキとなった。
4位はマーべリック・ビニャーレス、5位ファビオ・クアルタラロ、6位ファビオ・ディ・ジャンアントニオ、7位エネア・バスティアニーニ、8位フランチェスコ・バニャイア、9位ジャック・ミラー、10位ミゲル・オリヴェイラとなった。
なお、マルク・マルケスはレーススタート直後に単独転倒、予選で好調だったアレイシ・エスパルガロは転倒した際にブラッド・ビンダーを巻き添えにしている。
インドネシアGP 決勝レース結果
路面コンディション： ドライ
気温： 32°
路面温度： 59°
湿度： 65%
| 順位 | ゼッケン | ライダー名 | メーカー | タイム |
| 1位 | 12 | ホルヘ・マルティン | DUCATI | 19’49.711 |
| 2位 | 9 | ルカ・マリーニ | DUCATI | 19’50.842 |
| 3位 | 7 | マルコ・ベッツェッキ | DUCATI | 19’51.792 |
| 4位 | 6 | マーべリック・ビニャーレス | APRILIA | 19’52.431 |
| 5位 | 5 | ファビオ・クアルタラロ | YAMAHA | 19’52.832 |
| 6位 | 4 | ファビオ・ディ・ジャンアントニオ | DUCATI | 19’53.914 |
| 7位 | 3 | エネア・バスティアニーニ | DUCATI | 19’54.692 |
| 8位 | 2 | フランチェスコ・バニャイア | DUCATI | 19’55.176 |
| 9位 | 1 | ジャック・ミラー | KTM | 19’57.563 |
| 10位 | 88 | ミゲル・オリヴェイラ | APRILIA | 19’58.653 |
| 11位 | 30 | 中上 貴晶 | HONDA | 20’01.745 |
| 12位 | 5 | ヨハン・ザルコ | DUCATI | 20’03.726 |
| 13位 | 37 | アウグスト・フェルナンデス | KTM | 20’04.534 |
| 14位 | 25 | ラウル・フェルナンデス | APRILIA | 20’05.410 |
| 15位 | 21 | フランコ・モルビデッリ | YAMAHA | 20’13.042 |
| 16位 | 36 | ジョアン・ミル | HONDA | 20’14.605 |
| 17位 | 44 | ポル・エスパルガロ | GASGAS | 20’16.880 |
| 18位 | 42 | アレックス・リンス | HONDA | 20’18.691 |
| 19位 | 33 | ブラッド・ビンダー | KTM | 20’32.801 |