日本GPのスプリントレースは波乱の幕開けとなり、スタート直後ホルヘ・マルティンがターン1のブレーキングをミスして、チームメイトのマルコ・ベッツェッキに追突し両者がリタイアする展開となった。その後レースはポールポジションからスタートしたフランチェスコ・バニャイアがリードを続け、最後まで危なげなくレースをリードして優勝。フランチェスコ・バニャイアにとっては2025年初となるスプリントレースでの優勝となった。
レース序盤は2位をペドロ・アコスタ、3位にホンダのジョアン・ミルが続く展開だったが、マルク・マルケスが何度もジョアン・ミルに対してアタックを仕掛ける中でジョアン・ミルを捉え、その後はアコスタも捉えて2位に浮上。Ducatiにとっては嬉しいスプリントレースでのワン・ツーを達成。
3位はアコスタとなった。ジョアン・ミルは抜かれたものの自身スプリント最高位となる4位を獲得。5位はフランコ・モルビデッリ、6位ファビオ・クアルタラロ、7位ルカ・マリーニ、8位ラウル・フェルナンデス、9位に小椋 藍が入った。アレックス・マルケスは10位でポイント獲得ならず、明日の決勝レースでマルク・マルケスに対して7ポイントをアレックス・マルケスが多く獲得しない限り、マルク・マルケスのタイトル獲得が明日決まることになる。