フランチェスコ・バニャイア（ドゥカティ・レノボ・チーム）が日本GP初日のフリー走行1回目で1分44秒857を記録し、セッションを制した。バルセロナとミサノでの苦戦を経て、フランチェスコ・バニャイアは再び本来のパフォーマンスを発揮。週末最初のセッションを制し、ホルヘ・マルティン（アプリリア・レーシング）、マルク・マルケス（ドゥカティ・レノボ・チーム）を抑えて首位に立った。
バニャイアはFP1の序盤から1分44秒台に突入し、セッションの大半でトップを維持。しかし、残り15分を切ったところでチームメイトのマルク・マルケスが一時的にトップに浮上。それでも、フランチェスコ・バニャイアは残り9分で再逆転し、チャンピオンシップ首位のチームメイトに対して強烈な反撃を見せた。
ドゥカティGP25勢はセッションを通じて好調だったが、最終的にトップに立ったのはバニャイアだった。ラスト5分間でペースを上げた前年王者のマルティンが2番手に浮上、マルケスは3番手に後退した。ファビオ・ディ・ジャンアントニオ（プルタミナ・エンデューロ VR46 レーシング・チーム）は4番手に入り、ルカ・マリーニ（ホンダHRCカストロール）が5番手で、ホンダ勢最上位に躍進した。
フランコ・モルビデリ（プルタミナ・エンデューロ VR46）は6番手を記録したものの、終盤に5コーナーで転倒。同様にジャック・ミラー（プリマ・プラマック・ヤマハMotoGP）も直後に同コーナーで転倒したが、8番手を確保。2人の間に入ったのはペドロ・アコスタ（レッドブルKTMファクトリー・レーシング）で、オーストリアメーカー勢の最上位だった。
IDEMITSUホンダLCRのチャントラ・ソムキアットにとっては今季ベストの内容で、9番手に食い込みホンダ勢2番手。10番手にはミゲル・オリベイラ（プリマ・プラマック・ヤマハMotoGP）が入った。